Pemanfaatan sumberdaya alam tanpa perencanaan yang matang dapat berakibat kepada rusaknya keseimbangan dan fungsi lingkungan. Cadangan sumberdaya alam menjadi semakin cepat habis, lingkungan sudah tidak dapat mendukung kehidupan diatasnya dan pada akhirnya pembangunan dapat terhambat.
Bentang alam wilayah Kabupaten Bantul yang terdiri dari dataran rendah, wilayah perbukitan serta wilayah pesisir dan pantai mempunyai cadangan sumberdaya alam tersendiri. Pemanfaatan sumberdaya di tiap-tiap wilayah akan berbeda dengan wilayah lainnya:
-Dataran rendah : pemanfaatan untuk pertanian, perikanan, industri dan perumahan.
-Perbukitan : pemanfaatan untuk perumahan.
-Pantai : pemanfaatan untuk pariwisata, nelayan dan pertanian.
Terjadinya pemanfaatan sumberdaya yang berlebihan di tiap wilayah menimbulkan permasalahan lingkungan tersendiri. Permasalahan tersebut diantaranya; eksploitasi bahan galian Golongan C, pertanian, pencemaran air, pencemaran udara dan kesehatan. (Bapedalda)
